主人公の西村恵美と工藤新一は東の高校生探偵である日毛利蘭と3人で遊園地に遊びに行ったとき黒ずくめの組織の怪しい取引現場を目撃した 取引に夢中になっていた西村恵美と工藤新一は背後から近づいてくるもう一人の仲間に気が付かなかった。西村恵美と工藤新一は毒薬を飲まされ目が覚めたら体が縮んでしまっていた。西村恵美と工藤新一が生きているとなると組織に狙われ周りの人間にも被害が及ぶ。 阿笠博士の助言で正体を隠すことにした西村恵美と工藤新一は蘭に名前を聞かれ咄嗟に江戸川コナン、石川玲奈となのり奴らの情報を掴むため父親が探偵をやっている蘭の家にころがりこんだ…

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少年探偵団が通ってる帝丹小学校にある謎の女の子が転校してきた。 しかし、その女の子はコナンくんの本当の正体を知っていた。 転校初日に、事件に巻き込まれる。 この事件が不幸の始まりだった...。