ペーパーマリオ&ケロロ軍曹 カラースプラッシュ イロドリアイランドの平和を取り戻す冒険であります！

　ある嵐の夜、一通の手紙を持ってピーチ姫とキノピオがマリオの自宅を訪れる。
マリオが手紙を見てみると、それは真っ白に色抜けされ、動かなくなったペーパーキノピオであった。

　その真っ白いキノピオには「イロドリアイランド」の消印と切手が貼られており、そこに手がかりがあるとにらんだ一行は、嵐の中早速船に乗り込みイロドリアイランドへと向かう。
　一夜明けてイロドリアイランドの中心街・イロドリタウンに到着するも、街の様子がおかしい。何と街や住人のキノピオ達から色が失われていたのだ!

　マリオは街の中心にある“イロドリの泉”から現れたペンキーと共に、犯人であるストローを持ったヘイホー達をカードバトルで何とか撃破。
　そこで偶然にも、現実世界から飛ばされてきたケロロと出会う。
　そしてケロロの口から、なぜ彼が現実世界から来てしまったのかも明かされる。
　失われた街の象徴である6つの大(ビッグ)ペンキスターを取り戻すため、マリオとペンキーとケロロは新たな冒険へと旅立った。