オレは高校生探偵、工藤新一。
幼馴染で同級生の毛利蘭と遊園地に遊びに行って、
黒ずくめの怪しげな取り引き現場を目撃した。
取り引きを見るのに夢中になっていたオレは、
背後から近づいてくるもう1人の仲間に
気づかなかった。オレはその男に毒薬を飲まされ
目が覚めたら……体が縮んで子供の姿になっていた‼︎
工藤新一が生きていると奴らにバレたら、
また命を狙われ、周りの人間にも危害が及ぶ。
だからオレは阿笠博士の助言で
正体を隠すことにした。
蘭に名前を訊かれとっさに『江戸川コナン』と
名乗り、奴らの情報を掴むために、
父親が探偵をやっている蘭の家に転がり込んだ。
毛利探偵事務所の下にある喫茶『ポアロ』で
働く、安室透。その正体は公安警察を指揮する
警察庁警備局の秘密組織『ゼロ』に所属する警察官で
、本名は降谷零。そんな降谷の部下で、
警察庁公安部の風見裕也。そして、諸伏景光。
彼は降谷の同期で公安警察、黒ずくめの組織に潜入中
NOKだとバレ、オレと同じ薬を飲まされ
子供の姿になってしまった。
今は奴らの目を逃れるため
阿笠博士の家に転がり込んでいる。
その景光の兄、諸伏高明。通称コウメイは
長野県警捜査一課の刑事だ。長野県警捜査一課には、
高明と小学生からの同級生の大和敢助、そして
大和と幼馴染の上原由衣もいる。
どうやら今回は彼らを巻き込む
大きな事件になりそうだ……
小さくなっても頭脳は同じ。迷宮なしの名探偵。
真実はいつも一つ！